L’importance et la technicité des activités de la Sécurité sociale ont conduit à mettre en place, dès 1946, des juridictions spécialisées, les tribunaux des affaires de sécurité sociale (TASS), pour connaître du « contentieux général » de la Sécurité sociale, c’est-à-dire des différends relatifs notamment aux cotisations et aux prestations. Ces juridictions ont été constituées sur un mode échevinal afin d’associer à la résolution des litiges des représentants des salariés et des employeurs. Bien que la Sécurité sociale constitue un service public, le contentieux général de la Sécurité sociale est un contentieux judiciaire, relevant en cassation de la Cour de cassation.

Pour ce qui concerne l’assurance-maladie, au sein des chambres disciplinaires des ordres professionnels, des juridictions spécialisées, les « sections des assurances sociales », ont été créées afin de juger les fautes, abus et fraudes commis par les professionnels de santé. Les sanctions infligées peuvent être un avertissement, un blâme ou une interdiction du droit de dispenser des soins aux assurés sociaux mais aussi le remboursement à l’assuré du trop-perçu ou à la caisse du trop remboursé en cas d’abus d’honoraires ou de dépenses injustifiées. Ces décisions peuvent être frappées d’appel devant les sections des assurances sociales des chambres disciplinaires des conseils nationaux des ordres professionnels et faire l’objet d’un pourvoi en cassation devant le Conseil d’État.

Les juridictions administratives de droit commun ont à connaître du contentieux du remboursement et des conventions médicales. Le Conseil d’État est ainsi régulièrement appelé à statuer sur des mesures de déremboursement ou de refus de prise en charge de médicaments par l’assurance-maladie. Il a ainsi, en 2010, validé le refus d’inscrire sur la liste des spécialités remboursables une extension d’indication d’une spécialité anticancéreuse malgré un gain de vingt-six jours d’espérance de vie’. En matière de conventions, les tribunaux administratifs peuvent par exemple intervenir en cas de litige sur le dé-conventionnement d’un médecin. Le Conseil d’État est le juge de premier et dernier ressort des conventions liant les professions de santé aux caisses d’assurance maladie.

Enfin, les activités de la Sécurité sociale peuvent donner lieu à des instances devant les juridictions répressives. C’est notamment le cas lorsque des poursuites sont engagées pour violation des obligations administratives ou financières imposées aux redevables des cotisations ou contributions sociales, comme en cas de fraude ou de fausses déclarations concernant les prestations. Devant les juridictions civiles de droit commun comme d’ailleurs les juridictions administratives, les organismes d’assurance-maladie peuvent également exercer des recours contre les tiers responsables pour obtenir le remboursement des dépenses exposées pour la prise en charge des victimes. Les trois régimes nationaux d’assurance-maladie ont ainsi, en 2011, intenté une action pénale et présenté une demande d’indemnisation des coûts indus qu’ils ont supportés dans l’affaire du Médiator.

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